يمر نهر النيل عبر السودان، مشكلاً شريان الحياة الرئيسي، ويمر بعدة مدن رئيسية، أبرزها العاصمة الخرطوم (ومدنها الثلاث: الخرطوم، أم درمان، بحري) حيث يلتقي النيلان الأبيض والأزرق. كما يمر بمدن شندي، المتمة، الدامر، عطبرة، أبو حمد، ودنقلا، ومروي، ووادي حلفا شمالاً قبل دخوله مصر.
أهم المدن السودانية على طول مجرى النيل:
الخرطوم (العاصمة): ملتقى النيلين الأبيض والأزرق.
ولاية نهر النيل: تضم الدامر (العاصمة)، عطبرة (مدينة السكة حديد)، شندي، بربر، وأبو حمد.
الولاية الشمالية: مروي (حيث يقع سد مروي)، دنقلا، ووادي حلفا.
مدن على النيل الأزرق: مدينة ود مدني (ثاني أكبر مدينة)، والروصيرص.
مدن على النيل الأبيض: الجبلين وتندلتي.
يمتد النيل في السودان من الجنوب عبر ولايات النيل الأزرق والنيل الأبيض إلى الخرطوم، ثم يتجه شمالاً مشكلاً "منحنى النيل العظيم" قبل عبوره الحدود.