تتعدد الاتفاقيات التي تنظم مياه حوض النيل بين اتفاقيات تاريخية إبان الحقبة الاستعمارية واتفاقيات ثنائية (مثل اتفاقية 1959) ووثائق حديثة، حيث ترسم الإطار القانوني لتوزيع الحصص، وأهمها اتفاقية 1929 التي أقرت حصص مصر والسودان، واتفاقية 1959 التي ضبطت توزيع مياه النيل بالكامل، بجانب مبادرات تعاونية مثل "مبادرة حوض النيل".
أهم الاتفاقيات والوثائق المنظمة:
[بروتوكول روما 1891]: بين بريطانيا وإيطاليا بشأن الحدود ونهر عطبرة.
[اتفاقية أديس أبابا 1902]: بين بريطانيا وإثيوبيا بشأن الحدود وعدم إنشاء مشاريع على النيل الأزرق دون موافقة.
[اتفاقية 1929 (مصر وبريطانيا)]: أبرمتها بريطانيا نيابة عن دول حوض النيل (أوغندا، تنزانيا، كينيا)، وأقرت بحصة مصر المكتسبة وحقها في الاعتراض على المشاريع.
[اتفاقية 1959 (مصر والسودان)]: اتفاقية ثنائية للانتفاع الكامل بمياه النيل بعد الاستقلال، حددت حصة مصر بـ 55.5 مليار متر مكعب والسودان بـ 18.5 مليار متر مكعب سنوياً.
[مبادرة حوض النيل 1999]: إطار للتعاون الفني والسياسي بين دول الحوض العشر.
[وثيقة سد النهضة 2015]: إعلان مبادئ ثلاثي بين مصر والسودان وإثيوبيا.
تعترض بعض دول المنبع على الاتفاقيات التاريخية الموروثة من الاستعمار، وتطالب باتفاقيات جديدة لتوزيع المياه، مما أدى إلى ظهور "اتفاقية الإطار التعاوني" التي لم توقع عليها مصر والسودان لنواقص تعتبرها تضر بأمنهما المائي.